一、個人獨資企業扣除員工工資的合法依據是什麼?
《工資支付暫行規定》
第十五條 用人單位不得剋扣勞動者工資。有下列情況之一的，用人單位可以代扣勞動者工資：
(一)用人單位代扣代繳的個人所得稅;
(二)用人單位代扣代繳的應由勞動者個人負擔的各項社會保險費用;
(三)法院判決、裁定中要求代扣的撫養費、贍養費;
(四)法律、法規規定可以從勞動者工資中扣除的其他費用。
二、個人獨資企業違法剋扣員工工資的法律責任是什麼?
《工資支付暫行規定》
第十八條各級勞動行政部門有權監察用人單位工資支付的情況。用人單位有下列侵害勞動者合法權益行為的，由勞動行政部門責令其支付勞動者工資和經濟補償，並可責令其支付賠償金：
(一)剋扣或者無故拖欠勞動者工資的;
(二)拒不支付勞動者延長工作時間工資的;
(三)低於當地最低工資標準支付勞動者工資的。
經濟補償和賠償金的標準，按國家有關規定執行。
三、工資被企業違法扣除申請勞動仲裁的流程是怎樣的?
1、提交申請書
當事人申請仲裁，應當提交書面仲裁申請書，並按照被申請人數提交副本。
2、仲裁受理
仲裁委員會應當自收到仲裁申請之日起五日內作出受理或者不予受理的決定。仲裁委員會決定受理的，應當自作出決定之日起五日內將申訴書副本送達被申請人。決定不予受理的，應當說明理由。
3、開庭審理
仲裁庭應當於開庭的五日前，將開庭日期、地點書面通知雙方當事人。無正當理由拒不到庭或者未經仲裁庭同意中途退庭的，對申請人按照撤訴自理，對被申請人可以做缺席裁決。
4、仲裁調解
仲裁庭處理勞動爭議應當先行調解，在查明事實的基礎上促使當事人雙方自願達成協議。調解達成協議的，仲裁庭應當根據協議內容製作調解書，調解書自送達之日起具有法律效力;調解未達成協議的，仲裁庭應當及時裁決。
5、仲裁裁決
仲裁庭裁決勞動爭議案件，應當自勞動仲裁委員會受理仲裁申請之日起四十五日內結束。案情複雜需要延期的，經批准可以延期並書面通知當事人，延長期限不超過十五日。仲裁庭裁決後應當製作仲裁書送達雙方當事人。當事人對仲裁裁決不服的，自收到裁決書之日起十五日內，可以向人民法院起訴;期滿不起訴的，裁決書即發生法律效力。
扣除員工工資的合法依據跟企業的型別毫無關係，如果企業沒有任何正當理由違法剋扣員工工資，員工可以向企業所在地的勞動行政主管部門投訴，也可以申請勞動仲裁。
