(一)知情條款
這類條款的名稱並不固定，有時也可以用受讓方申明的方式出現。它主要是用來保護轉讓方的權益。這主要是指：股權轉讓協議中約定，在簽訂本協議時，受讓方已經對擬轉讓股權所屬的目標公司的財務狀況、公司重大合同、重大訴訟、對外債權債務、公司內部的管理規範及公司章程等資訊已經充分了解，並在此基礎上自願受讓有關股權。
(二)優先權條款
公司其他股東對股權轉讓的優先購買權是法定的權利，不能剝奪，不能迴避。如果股權是轉讓給公司外部的非股東第三人，優先權條款就非常重要，關係到股權轉讓協議的有效問題。
該條是指轉讓方有義務通過適當的程式向其他股東傳送了股權轉讓的通知，將擬轉讓的股權數量、轉讓價格等條件、擬受讓的非股東第三人的情況、要求其它股東在30天內(或章程規定的時間)答覆是否同意轉讓的意思、如同意轉讓，要求其在合理期限內行使優先購買權的意思、申明如既不同意轉讓，又不購買，視為同意轉讓且放棄優先購買權等這樣一些內容以書面方式通知到了所有其他股東。當其他股東並未行使相關的優先購買權時，股權才可向第三人轉讓。
(三)確認價格的條款
價格的確定方式之所以重要，這是因為：雖然在幾乎所有的股權轉讓協議中，都必然會有轉讓價格條款，但實踐中股權的真實轉讓價格有可能與協議中所寫的價格不一致，甚至相差很大。當雙方後來因種種原因發生爭議時，往往需要法院根據證據情況來判斷哪個價格是真實的價格，這就為雙方增添了不必要的不確定因素。價格的確定方式條款就是為了最大限度解決這一問題的。
對價格的確定方式歸納了幾種方法：
資產評估法，即根據資產評估報告按照公司資產在轉讓時的淨值為依據確定轉讓價格;
溢價法，即將資產淨值考慮其將來的升值潛力，給予一定幅度的擴大，作為轉讓價格依據;
綜合定價法，即當受讓方除了要向轉讓方支付現金轉讓款時，還要承擔特定的債務或其他義務，這樣的條件下股權轉讓價格就不光是一個確定的金額數字，而是綜合各項條件後確定的。
(四)股權登記條款
內部登記的重要性在於它是確認投資者股東身份的主要依據。當受讓人出資受讓股權後，如果其姓名或名稱尚未記載於工商登記中，並不影響其股東的地位，只要在公司內部登記資料中進行了登記即可。內部登記主要是指：公司股東名冊、股東會會議記錄、出資證明等。
在股權轉讓協議中，對於股權變動的內部登記，應當予以約定，如果有一方違反約定義務使股權未能及時、正確等登記在內部檔案中導致另一方損失，則應有相應法律後果。
(五)違約責任條款
沒有違約責任的合同在法律約束力上是有重大欠缺的。我們建議，對於一項完備的股權轉讓協議來說，違約責任條款可以分成這樣幾個部分進行約定：
1、陳述守約義務。
2、違約賠償。如協議任何一方違反本協議任何條款所設定的義務，或所作陳述與保證有任何不實，導致另一方收到損害的，違約方應對守約方的損害承擔全部賠償責任。賠償責任的範圍除了直接經濟損失外，還可以約定包括訴訟費、仲裁費、律師費、因請求賠償而發生的差旅費、調查費等。
3、重大違約。特別指出協議中幾處關鍵的條款，如違反這些條款，視為重大違約。發生重大違約的，違約方除承擔賠償責任外，還應承擔特定數額的違約金，此外還可考慮守約方有權選擇單方解除合同等。
股權轉讓協議與一般的合同一樣，其中除了會涉及到當事人的利益之外，還關乎公司、公司股東甚至公司債權人的利益，而作為明確當事人權利義務的股權轉讓協議，其中的主要條款一定要約定清楚，避免日後發生不必要的糾紛。
