第1條 本規則依加工出口區設定管理條例(以下簡稱本條例)第五條規定訂之。
第2條 本規則規定事項，由加工出口區管理處(以下簡稱管理處)，各加工出口區分處(以下簡稱分處)，及依本條例第九條規定設立之單位執行之。
第3條 區內事業之設立、合併、增資、減資、撤資及變更投資計畫，應檢具申請書，向所在區管理處或分處提出申請。
前項申請書之格式及應送份數，由管理處定之。
第4條 區內事業設立、合併、增資、減資及變更投資計畫申請案，除經授權管理處、分處徑行核定者外，分處應於一周內擬具初審意見送管理處，管理處於一個月內審查核定，並就核定內容及應行洽辦事項通知申請人。
第5條 區內事業經核准設立後，應依有關規定向所在區管理處或分處申請辦理公司登記或商業登記。
前項登記，如有變更、解散或歇業時，應於事實發生之日起十五日內申請辦理變更、解散或歇業登記。
管理處或分處辦理公司登記或商業登記，應副知當地稅捐稽徵機關，並於核定後公告其登記事項。
第6條 經核准設立、合併、增資之區內事業，應按計畫於核定之日起二年內完成；如因實際困難未能按計畫開始或完成者，得於期限屆滿前向所在區管理處或分處申請展期。
第7條 區內事業投資計畫之生產裝置如有變更時，應於投資計畫完成取得開工許可前，向所在區管理處或分處提出修正前後之對照表申請核備。
第8條 區內事業於投資計畫完成，並依第二十四條之規定取得開工許可後，因生產上需要，得先行購置增資擴充套件之生產裝置。但應於該生產裝置進區日起一年內提出增資計畫及申請審定投資額；逾期者，其所增加之資金，視為投資計畫外之投資。
第9條 區內事業經核准以分支機構型態設於加工出口區內者，會計科目、帳簿、憑證及報告表應行獨立，銷售額應向所在地稽徵機關申報。
第10條 區內事業如擬遷往課稅區、轉投資課稅區或在課稅區設定分支機構，應依本條例及公司法或商業登記法之有關規定辦理。
第11條 申請在加工出口區區內設立區內事業之投資人(以下簡稱投資人)，向所在區管理處或分處申請預訂公有土地或廠房者，應於提出投資申請以前，按下列標準繳存預約金及簽訂預約書：
一、土地預約金：按預訂土地面積六個月之租金標準計算之。
二、廠房預約金：預購者按預訂廠房面積售價百分之五計算，預租者按廠房面積一年之租金計算之。
前項投資人向所在區私有權人預定、租、購土地或廠房者，應於提出投資申請時，檢附土地或廠房使用證明書或其它相關證明檔案。
前二項投資人之代表人，於法人未成立前，以該法人之代表於預約及提出投資計畫時，應在代表人名義下注明：「預定創設法人之名義(即預定公司)籌備處代表人」其資金來源並應為法人籌備處之名義項下。
區內事業因增資、合併或擴充投資計畫而需增租、購廠房或租地時，準用第一項或第二項之規定。
第12條 核配廠房優先順序如下：
一、依本條例第十二條第四項得優先核配者。
二、區內事業因事業需要擴充，經提出擴充計畫業經核准，並已依前條之規定繳納預約金者。
