需要重複計算。
合同分別約定逾期辦理初始產權及分戶產權登記的違約責任，辦理初始產權登記及分戶產權登記成為兩個獨立的合同標的。同一事實違反了不同的合同條款，侵害不同的合同標的，合同明確約定分別計算的，應當予以支援。且逾期辦理初始產權登記並不當然導致逾期辦理分戶產權登記，該兩項違約責任並非是同一違約行為所產生的不同違約後果。
因此，分別約定初始產權及分戶產權登記逾期辦理違約責任的條款法院予以支援。
【法律依據】
根據《最高人民法院關於審理商品房買賣合同糾紛案件適用法律若干問題的解釋》第18條規定：由於出賣人的原因，買受人在下列期限屆滿未能取得房屋權屬證書的，除當事人有特殊約定外，出賣人應當承擔違約責任：
(一)商品房買賣合同約定的辦理房屋所有權登記的期限;
(二)商品房買賣合同的標的物為尚未建成房屋的，自房屋交付使用之日起90日;
(三)商品房買賣合同的標的物為已竣工房屋的，自合同訂立之日起90日。
