(一)本罪與醫療事故罪的界限
二者在客觀上都可能造成就診人死亡或嚴重損害就診人身體健康的後果，它們的區別主要在於：
(1)主體不同。本罪的主體是不具有醫師執業資格的人，而後罪的主體是醫務人員。
(2)主觀方面不同。本罪行為人對造成就診人死亡或嚴重損害就診人身體健康後果所持的心理態度，既可以是過失，也可以是間接故意，而前罪對造成嚴重不良後果所持心理態度只能是過失。
(3)客觀方面不同。本罪造成就診人死亡或身體健康嚴重後果的原因既可以表現為責任過失，也可以是技術過失，而後罪則僅限於責任過失，技術過失不構成犯罪。
(二)非法行醫致人死亡或嚴重損害就診人身體健康與故意殺人罪、故意傷害罪的界限
行為均造成了人員傷亡的後果，區別在於：
(1)本罪的主體是特殊主體，限於未取得醫生執業資格的人，而後二罪的主體是一般主體。
(2)主觀方面不同。本罪行為人對嚴重不良後果的心理態度是過失和間接故意，而後二罪的主觀方面為直接故意或間接故意，不包括過失。
(3)發生場合不同。本罪發生於擅自從事醫療活動過程中，而後二罪發生的場合不限於此。
(4)客體不同。本罪侵害的客體是國家對醫療衛生工作的管理制度和公共衛生，而後二罪僅侵犯特定公民的生命健康權利，並不侵害國家對醫療衛生工作的管理制度。
(三)非法行醫致人死亡或嚴重損害就診人身體健康與過失 致人死亡罪、過失致人重傷罪的界限
三罪均造成了人員傷亡的後果，區別在於：
(1)主體不同。本罪的主體是特殊主體，即未取得醫生執業資格的人，而後二罪的主體是一般主體。
(2)主觀方面不同。本罪行為人對嚴重不良後果所持的心理態度是過失和間接故意，而後二罪的主觀方面是過失，不包括間接故意。
(3)發生場合不同。
(4)客體不同。
