(一)本罪與違反治安管理行為的界限
兩者在表現形式上可能是相同的，都是擾亂了國家機關、團體、事業單位的秩序，致使工作、生產、營業、教學、科研不能正常進行。兩者的主要區別是情節是否嚴重，是否使國家和社會遭受嚴重損失。如尚未造成嚴重損失的，是一般違反治安管理行為，應給予治安管理處罰。
由於領導上的官僚主義，對涉及群眾利益的事處理不當或者工作上的缺點失誤，以致引起群眾鬧事、鬧學潮或罷工等，要進行深入細緻的思想政治工作，要與聚眾擾亂社會秩序罪加以區別，對於借學潮、罷工之機，故意歪曲黨的方針政策，煽動群眾，提出無理要求，破壞社會正常秩序，符合《刑法》第二百九十條規定的，則構成本罪。
(二)本罪同妨害公務罪的界限
（1）前者侵害的物件是國家機關、企事業單位和人民團體;後者侵害的物件是特定的國家工作人員。
（2）前者是聚眾進行;後者可以是單個人進行。
（3）前者不限於採用暴力、威脅的方法;後者採用暴力、威脅的方法。
(三)本罪與聚眾衝擊國家機關罪的界限
聚眾衝擊國家機關的行為原本屬於擾亂社會秩序的行為的一種，《刑法》鑑於國家機關正常活動對於維護社會穩定的重要性，將其單獨規定為一罪。兩罪的犯罪客體不同。本罪客體是企事業單位、社會團體的正常活動秩序。聚眾衝擊國家機關罪的客體是國家機關的正常活動;兩罪的犯罪物件不同，聚眾衝擊國家機關的犯罪物件僅限於各級各類國家機關，本罪的犯罪物件是國家機關以外的其他企事業單位、社會團體。
