聚眾擾亂公共秩序罪可以這麼認定：
（一）本罪與違反治安管理行為的界限：
兩者在表現形式上可能是相同的，都是擾亂了國家機關、團體、事業單位的秩序，致使工作、生產、營業、教學、科研不能正常進行。兩者的主要區別是情節是否嚴重，是否使國家和社會遭受嚴重損失。如尚未造成嚴重損失的，是一般違反治安管理行為，應給予治安管理處罰。
（二）本罪同妨害公務罪的界限：
前者侵害的物件是國家機關、企事業單位和人民團體；後者侵害的物件是特定的國家工作人員。
前者是聚眾進行；後者可以是單個人進行。
前者不限於採用暴力、威脅的方法；後者採用暴力、威脅的方法。
（三）本罪與聚眾衝擊國家機關罪的界限：
聚眾衝擊國家機關的行為原本屬於擾亂社會秩序的行為的一種，本法鑑於國家機關正常活動對於維護社會穩定的重要性，將其單獨規定為一罪。兩罪的犯罪客體不同。本罪客體是企事業單位、社會團體的正常活動秩序。聚眾衝擊國家機關罪的客體是國家機關的正常活動；兩罪的犯罪物件不同，聚眾衝擊國家機關的犯罪物件僅限於各級各類國家機關，本罪的犯罪物件是國家機關以外的其他企事業單位、社會團體。
（四）與聚眾擾亂公共場所、交通秩序罪的界限：
本罪與上述兩罪的主體、客觀方面均十分相似，主要區別在於上述兩罪發生在車站、碼頭、民用航空站、商場、公園等公共場所，破壞的是公共場所的秩序；本罪發生在企事業單位、社會團體所在地，破壞的是這些單位的工作、生產、教學、科研秩序。上述兩罪行為人必須同時具有抗拒、阻礙國家治安管理工作人員依法執行職務，情節嚴重的情節，本罪毋須具有，實踐中往往由於有些企事業單位社會團體所在地本身處於或靠近車站、碼頭、民用航空站、公園等公共場所，所以行為人聚眾擾亂社會秩序時會造成公共場所秩序遭到破壞、交通秩序遭到破壞的後果；也可能在行為人聚眾實施上述兩罪時導致這些企事業單位、社會團體無法工作，造成嚴重損失。實踐中可以從犯罪目的著手加以區別。
法律依據：《中華人民共和國刑法》
第二百九十條
【聚眾擾亂社會秩序罪】聚眾擾亂社會秩序，情節嚴重，致使工作、生產、營業和教學、科研、醫療無法進行，造成嚴重損失的，對首要分子，處三年以上七年以下有期徒刑;對其他積極參加的，處三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剝奪政治權利。
【聚眾衝擊國家機關罪】聚眾衝擊國家機關，致使國家機關工作無法進行，造成嚴重損失的，對首要分子，處五年以上十年以下有期徒刑;對其他積極參加的，處五年以下有期徒刑、拘役、管制或者剝奪政治權利。
【擾亂國家機關工作秩序罪】多次擾亂國家機關工作秩序，經行政處罰後仍不改正，造成嚴重後果的，處三年以下有期徒刑、拘役或者管制。
【組織、資助非法聚集罪】多次組織、資助他人非法聚集，擾亂社會秩序，情節嚴重的，依照前款的規定處罰。
