被告提出管轄權異議，法院在收到申請後首先應該審查，然後作出書面裁定：異議成立的，裁定將案件移送有管轄權的人民法院；異議不成立的，裁定駁回，案件繼續審理。最後如果當事人對法院的異議裁定不服，可以在收到裁定書之日起10日內上訴。向受理的人民法院申請管轄權異議。法院間有爭議的提請共同的上級人民法院解決。
法律依據：《中華人民共和國民事訴訟法》第一百二十七條規定管轄權異議和應訴管轄人民法院受理案件後，當事人對管轄權有異議的，應當在提交答辯狀期間提出。人民法院對當事人提出的異議，應當審查。異議成立的，裁定將案件移送有管轄權的人民法院；異議不成立的，裁定駁回。當事人未提出管轄異議，並應訴答辯的，視為受訴人民法院有管轄權，但違反級別管轄和專屬管轄規定的除外。
