一、立案
立案就是執法部門對於發現或接到投訴、舉報等事實或者材料後，認為有違法事實發生或存在並需要追究法律責任時，決定把它作為行政案件進行查處的一種活動。這個程式中要注意哪些行政機關有權立案查處違章建築：
1、規劃局或者規劃委員會。這是法定部門，城市裡的違章建築由它來管。
2、城市管理綜合行政執法局。也就是大名鼎鼎的城管，城管有沒有權利來管違章建築，主要看它是否得到省級政府的授權，比如北京，城管部門是得到北京市政府的授權的，所以那個有名的人濟山莊的違章建築就是城管要求限期自行拆除的。
3、鄉、鎮人民政府。它的執法範圍是鄉、村莊規劃區範圍內，簡單講就是在農村的違章建築由它來管。
除了上述部門，其他部門都沒有權利查處違章建築。實踐中有國土局或者國土所、住房和城鄉局、房管局等來查處違章建築的，這是錯誤的。
二、調查程式
在調查中，應當注意以下幾點：
1、調查人員不得少於2個人。
2、調查人員要主動出示執法證件。有兩個作用：一是調查人員必須具備執法資格;二是防止沒有執法資格的人冒充執法人員進行執法活動。在實踐中，很多地方得執法人員在調查時往往是不出示執法證件的。面對這種情形，建議被處罰的人可以主動要求他們出示證件，並記錄下他們證件上的相關資訊(比較重要的資訊有姓名、編號等)，這樣方便日後維權。
3、在被詢問以及在簽署筆錄時要謹慎。不要害怕不該說的不要說，在筆錄上簽字要小心謹慎。
三、決定程式
1、告知，聽取陳述、申辯
這個主要是保證被處罰人的知情權、陳述權、申辯權。執法人員在作出處罰決定前，一般會書面告知被處罰人行政處罰的事實、理由和依據。被處罰人有權陳述、申辯，如果執法人員拒絕聽取當事人的陳述、申辯，行政處罰決定不能成立。
2、聽證
聽證是指行政機關實施行政處罰過程中，在作出決定前，由非本案調查人員主持，聽取調查人員提出當事人違法的事實、證據和行政處罰建議與法律依據，並聽取當事人的陳述、舉證、質證和申辯及意見的程式活動。行政機關作出責令停產停業、吊銷許可證或者執照、較大數額罰款等行政處罰決定之前，應當告知當事人有要求舉行聽證的權利;當事人要求聽證的，行政機關應當組織聽證。當事人不承擔行政機關組織聽證的費用。
對於聽證程式，建議被處罰人還是要重視一下不要錯過這個程式。錯過這個程式，雖然可以在這之後的比如行政複議、行政訴訟程式中得到救濟。建議當事人不要錯過聽證。
四、處罰決定書的送達和執行
執法機關如果決定要進行處罰，會作出並向被處罰人送達《行政處罰決定書》。
違章建築一般都會被強行拆除，因為違章建築違反了國家的相關法律。但是在強拆的執行過程當中，執法部門的行為要符合法律的規定，如果拆遷部門存在不合法的行為的話，被拆遷人可以收集證據要求賠償，情節比較嚴重的，有可能會追究其刑事責任。
