土地使用權變更收取費用：
1、營業稅=營業額×5%(若轉讓方能提供原購置土地的發票，按轉讓土地的全部收入減去土地受讓原價後的餘額為營業額計算徵收營業稅，否則按轉讓收入全額計徵);根據財稅[2003]16號文，單位和個人轉讓其受讓的土地使用權，以全部收入減去土地使用權的受讓原價後的餘額為營業額。單位和個人銷售或轉讓抵債所得的土地使用權的，以全部收入減去抵債時該項土地使用權作價後的餘額為營業額。
2、城建稅=營業稅稅額×5%;
3、教育費附加=營業稅稅額×3%;
4、土地增值稅：土地增值稅以納稅人轉讓房地產所取得的增值額為計稅依據。土地增值額為納稅人轉讓房地產所取得收入減去稅法規定扣除專案金額後的餘額，以增值額適用四級超率累進稅率。具體計算公式為：土地增值額=轉讓房地產的總收入-扣除專案金額。轉讓土地使用權的扣除專案有：取得土地使用權所支付的金額;與轉讓土地使用有關的稅金等。
5、個人轉讓房屋計徵個人所得稅時，應按有關公式計算，按轉讓財產的收入額減去財產原值和合理費用後的應納稅所得額乘以20%的稅率計徵個人所得稅。
6、印花稅：根據財稅[2006]162號規定，轉讓土地使用權應按“產權轉移書據”計算繳納印花稅。稅率為萬分之五。另外，屬於企業轉讓土地使用權的，轉讓土地使用權取得的收入計入企業當期應納稅所得額，按規定繳納企業所得稅
土地使用權變更程式有哪些？
依照《城市房地產管理法》第17條規定，改變土地用途應依循以下程式：
1. 取得出讓方和都市計畫行政主管部門的同意
土地用途改變，將直接引起土地出讓最高年限的改變和土地使用權出讓金的變化。同時，土地用途的改變，必然發生土地使用權出讓合同中規定的權利義務關係的變化。因此，《城市房地產管理法》第17條和《城鎮國有土地使用權出讓和轉讓暫行條例》第18條，都規定了土地用途的改變必須取得出讓人的同意或批准。
土地用途是都市計畫的重要內容之一，改變後的土地用途必須符合都市計畫的要求。因此，改變土地用途亦應取得都市計畫行政主管部門的同意。
2.簽訂土地使用權出讓合同變更協議或重新簽訂土地使用權出讓合同
土地用途的改變是土地使用權出讓合同內容的重大變更，因此，土地用途的改變，在取得出讓人和都市計畫行政主管部門的同意之後，應由出讓人和受讓人簽訂土地使用權出讓合同變更協議或者重新簽訂土地使用權出讓合同，調整土地使用權出讓年限，並相應調整土地使用權出讓金。
土地使用權的變更是必須要按照法律的規定來進行的，還要取得政府的同意才能進行變更，而且在變更的同時還要按照規定繳納所有的稅費，稅費一般是按照當地的政策來進行計算，所以，土地使用權的變更是有很多的程式在裡面的，但是隻要所有程式合法、合理那就會很快辦理下來。
