集體流轉土地工業廠房被拆遷，地上附著物補償費歸附著物所有人所有，當事人另有約定除外。
《最高人民法院關於審理涉及農村土地承包糾紛案件適用法律問題的解釋》
第二十條 承包地被依法徵收，承包方請求發包方給付已經收到的地上附著物和青苗的補償費的，應予支援。
承包方已將土地經營權以出租、入股或者其他方式流轉給第三人的，除當事人另有約定外，青苗補償費歸實際投入人所有，地上附著物補償費歸附著物所有人所有。
二、集體土地流轉糾紛的訴訟流程是什麼?
1、原告起訴。
2、法院受理後將起訴書副本送達被告。
3、被告在十五日內提交答辯狀,法院在五日內將答辯狀副本送達原告如果被告不提交答辯狀,不影響審理。
4、決定開庭審理的案件,法院在三日前通知當事人並公告。
5、法庭調查階段包括:當事人陳述;告知證人的權利義務，證人作證，宣讀未到庭的證人證言;出示書證、物證和視聽資料;宣讀鑑定結論;宣讀勘驗筆錄。
6、法庭辯論包括:原告及其訴訟代理人發言;被告及其訴訟代理人答辯;第三人及其訴訟代理人發言或者答辯;互相辯論。法庭辯論終結，由審判長按照原告、被告、第三人的先後順序徵詢各方最後意見。
7、法庭辯論終結，應當依法作出判決。判決前能夠調解的，還可以進行調解，調解不成的，應當及時判決。
8、判決宣告。
三、集體土地流轉方式有哪些規定?
《農村土地承包經營權流轉管理辦法》
第十五條 承包方依法取得的農村土地承包經營權可以採取轉包、出租、互換、轉讓或者其他符合有關法律和國家政策規定的方式流轉。
第十六條 承包方依法採取轉包、出租、入股方式將農村土地承包經營權部分或者全部流轉的，承包方與發包方的承包關係不變，雙方享有的權利和承擔的義務不變。
第十七條同一集體經濟組織的承包方之間自願將土地承包經營權進行互換，雙方對互換土地原享有的承包權利和承擔的義務也相應互換，當事人可以要求辦理農村土地承包經營權證變更登記手續。
第十八條 承包方採取轉讓方式流轉農村土地承包經營權的，經發包方同意後，當事人可以要求及時辦理農村土地承包經營權證變更、登出或重發手續。
第十九條 承包方之間可以自願將承包土地入股發展農業合作生產，但股份合作解散時入股土地應當退回原承包農戶。
第二十條通過轉讓、互換方式取得的土地承包經營權經依法登記獲得土地承包經營權證後，可以依法採取轉包、出租、互換、轉讓或者其他符合法律和國家政策規定的方式流轉。
綜上所述，在拆遷廠房的時候，只要集體土地使用權流轉的手續是合法的，肯定會保障當事人的合法權益。不過，如果確認廠房屬於違章建築，在拆遷的時候一般是沒有補償款的。
