一、農村土地使用證無檔案怎麼辦?
首先，應該諮詢土地管理局，如果系統中也沒有檔案的話可以找土地使用證可以找尋相關部門辦理，準備好材料進行申請辦理即可，如果是土地管理人員的疏忽問題可以選擇進行上訴，或者選擇重新提交材料進行申請。
《中華人民共和國土地管理法實施條例》
第三條 國家依法實行土地登記發證制度。依法登記的土地所有權和土地使用權受法律保護，任何單位和個人不得侵犯。
土地登記內容和土地權屬證書式樣由國務院土地行政主管部門統一規定。
土地登記資料可以公開查詢。
確認林地、草原的所有權或者使用權，確認水面、灘塗的養殖使用權，分別依照《森林法》、《草原法》和《漁業法》的有關規定辦理。
第四條 農民集體所有的土地，由土地所有者向土地所在地的縣級人民政府土地行政主管部門提出土地登記申請，由縣級人民政府登記造冊，核發集體土地所有權證書，確認所有權。
農民集體所有的土地依法用於非農業建設的，由土地使用者向土地所在地的縣級人民政府土地行政主管部門提出土地登記申請，由縣級人民政府登記造冊，核發集體土地使用權證書，確認建設用地使用權。
設區的市人民政府可以對市轄區內農民集體所有的土地實行統一登記。
二、農村土地使用證辦理流程
一)申請
1、由農村村民個人向所屬鄉鎮國土資源管理所提出申請，領取土地登記申請審批表。
2、提交個人身份證或農村居民戶口簿影印件一份。 3、土地權屬材料(82年5月14日以前，提交村、隊權屬來源證明書;82年5月14日以後，提交農村建房使用證;97年4月以後提交農村建房申請書、農村建設用地批准書等)。
二)調查
由鄉鎮國土資源管理所對申請者的用地進行地籍調查、地籍測量、申請人現場指界、鄰宗地簽字蓋章，填寫地籍調查表，繪製宗地草圖。
三)稽核
先由鄉鎮國土資源管理所進行稽核，再報縣國土資源局稽核，稽核用地材料是否合法，用地界線是否無爭議，用地面積是否準確。
四)審批
經稽核符合“用地面積清楚，界址準確，權屬合法，無爭議”原則的，可批准並進行張榜公佈，在公佈一個月內無單位或個人對其提出爭議的，由縣人民政府頒發集體土地使用證。
村民手中有集體土地使用證，但是在國土資源部門卻沒有任何的檔案是不正常的，所以民眾自身也要先到國土部門去問清楚了沒有檔案的具體原因，結合原因準備需要的這些材料，情況屬實的話肯定國土部門還會重新補辦集體土地使用證的檔案的，國土部和民眾手中的土地使用證的資訊必須是完全核對無誤的才行。
