簽訂房屋補償協議後。因協議產生糾紛的，屬於協議是屬於合同，所以協議糾紛是屬於合同糾紛。對於拆遷決定或者拆遷補償安置裁決不服提起的訴訟，在性質上屬於對行政機關的具體行政行為不服提起的行政訴訟，人民法院應當作為行政案件受理。
對於當事人達不成拆遷補償安置協議，向人民法院提起民事訴訟後，人民法院不予受理，告知當事人可以依法向有關行政部門申請行政裁決。當事人之間達成拆遷補償安置協議後，一方不履行協議或者履行協議不適當的，當事人依拆遷補償安置協議提起民事訴訟的，人民法院應當受理。
二、房屋拆遷安置協議的內容有哪些?
1、拆遷補償方式，貨幣補償金額及其支付期限;
2、安置用房面積、標準和地點;
3、產權調換房屋的差價支付方式和期限;
4、搬遷期限、搬遷過渡方式和過渡期限;
5、搬遷補助費和臨時安置補助費或停產停業損失費發放標準和支付方式;
6、違約責任和爭議解決的方式;
7、當事人約定的其他條款。
至於每一個拆遷補償安置協議具體包括哪些內容，還應視拆遷補償方式不同而不同。對於實行貨幣補償的，協議中應主要載明補償金額、搬遷期限;對於實行產權調換的，協議主要載明安置用房的結構、面積和地點、搬遷期限、過渡方式和過渡期限
三、房屋拆遷補償專案有哪些?
作出房屋徵收決定的市、縣級人民政府對被徵收人給予的補償包括：
1、被徵收房屋價值的補償;
2、因徵收房屋造成的搬遷、臨時安置的補償;
3、因徵收房屋造成的停產停業損失的補償。
市、縣級人民政府應當制定補助和獎勵辦法，對被徵收人給予補助和獎勵。
綜上所述，政府部門對房屋進行拆遷，應當給房屋產權人支付補償，並妥善安置，雙方簽訂拆遷安置協議，如沒有支付拆遷補償款發生糾紛，屬於合同糾紛的一種，可以發起行政訴訟，將拆遷部門告上法院，協議簽訂地的法院對案件有管轄權。
