1、前者為惠民利民工程，後者為商業行為;
2、前者居民一般是就地安置須回遷，後者可以異安置或自行解決住房;
3、前者為政府主導並實施操作，後者為政府引導或准予;
4、對於物權處理上，前者是以房易附帶(互易中超過部分)補償，後者是高業化的交易與徵收。
5、棚戶區改是指政府為了改善棚戶區內居民的居住、生活條件，由政府實施並予以開發商一定的惠顧政策，為居民重置重建的惠民工程。對於房屋的產權人進行以房易房或互補方式，一般不涉及土地徵用費。
6、房屋徵收是土地使用人或開發商在政府主導下，依法對土地、房屋(附著物)進行有償徵用、徵收而獲得土地使用權的方式。一般要支付土地補償金、附著物補償金和安置補償費。
最高人民法院曾出過司法解釋，城中村房子拆遷，如果是貨幣補償方式，可以參照《國有土地上房屋徵收與補償條例》規定，爭取不得低於同地段的類似房地產的市場價。
根據《國務院關於加快棚戶區改造工作的意見》相關規定可知，經過棚戶區改造後，當地群眾的住房條件會得到改善，大家可以住到配套設施好、質量高、安全可靠的房子，共享改革發展成果。
二、棚戶區和城中村的概念
從狹義上說，城中村是指農村村落在城市化程序中，由於全部或大部分耕地被徵用，農民轉為居民後仍在原村落居住而演變成的居民區，亦稱為“都市裡的村莊”。從廣義上說，城中村是指在城市高速發展的程序中，滯後於時代發展步伐、遊離於現代城市管理之外、生活水平低下的居民區。
棚戶區是指城市建成區範圍內、平房密度大、使用年限久、房屋質量差、人均建築面積小、基礎設施配套不齊全、交通不便利、治安和消防隱患大、環境衛生髒、亂、差的區域。
