公司與公司債務糾紛的處理方法是：
1、和解，債權人可以就履行債務的期限、方式、數額等同債務人進行磋商，簽訂還款協議；
2、調解，可向所在地的人民調解委員會提出書面調解申請；
3、仲裁，當事人申請仲裁應向仲裁機構遞交仲裁協議、申請書及副本；
4、訴訟，對一些較為複雜、對方當事人較難對付或者通過其他途徑很難解決的案件，債權人就可選擇訴訟程式來解決；
5、申請支付令，債權人提供的事實、證據，對債權債務關係明確、合法的，可以由法院向債務人發出支付令。
法律依據：《公司法》 第三條
公司是企業法人，有獨立的法人財產，享有法人財產權。公司以其全部財產對公司的債務承擔責任。有限責任公司的股東以其認繳的出資額為限對公司承擔責任;股份有限公司的股東以其認購的股份為限對公司承擔責任。
