上班遲到早退扣工資是否合法還需要具體情況具體分析。勞動者遲到屬於違反勞動紀律，用人單位應當有權在規章制度或企業獎懲制度中，對此類行爲進行一定的處罰，以實現雙方的權利義務平等。公司依法有權對員工的違規行爲作出處罰，但前提是公司有處罰依據，並且是合法制定的。
因此，罰款是否合法，一看公司是否有相關規章制度規定;二看規章制度是否合法。如果公司沒有相關規章制度規定，作出處罰是沒有依據的，是違法的。但嚴格的講公司對於遲到不是罰款，罰款是行政處罰的一種，必須有行政立法機關進行立法規定。因爲公司不是行政執法機關，沒有罰款權限。所謂的罰款其實是對工資的扣除，這個是合法的，因爲你違反了公司的制度，但是勞動法和工資支付暫行規定也規定了公司對於遲到員工的處罰不得超過當月工資的20%
《工資支付暫行規定》
第十六條因勞動者本人原因給用人單位造成經濟損失的，用人單位可按照勞動合同的約定要求其賠償經濟損失。經濟損失的賠償，可從勞動者本人的工資中扣除。但每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的20%。若扣除後的剩餘工資部分低於當地月最低工資標準，則按最低工資標準支付。
