醫療糾紛中的醫療事故由誰來決定，這是會結合具體的情況來定，選擇不同的方式所處理的方法就會不一樣；
根據《醫療事故處理條例》第46條的規定，發生醫療事故的賠償等民事責任爭議時，有三條解決途徑可供選擇：一是醫患雙方協商解決，也就是通常所說的私了;二是當事人向衛生行政部門提出調解申請，通過行政手段進行處理;三是直接向人民法院提起民事訴訟，通過司法程式來解決醫療糾紛。
從目前情況看，大部分醫療糾紛的處理都經歷了雙方協商這一程式。應該說，這也是最經濟、最便捷的一條解決途徑，然而，由於種種因素的影響，協商不一定能達成共識，甚至可能久拖不決。對此，患者方須特別引起注意，因為醫療侵權訴訟的時效以及向衛生行政部門提出醫療事故爭議處理申請的時效為1年，自當事人知道或應當知道其身體健康受到損害之日起算。因此，當協商遲遲不能達成一致時，應及時採取第二或第三條途徑解決。由於患者方普遍對衛生行政部門立場的質疑，以及最高人民法院《關於民事訴訟證據的若干規定》，因醫療侵權行為引起的訴訟實行舉證責任倒置，使一直以來實際存在著的人民法院受理醫療侵權訴訟以進行醫療事故技術鑑定作為前置程式的規定失去了存在的依據，醫療侵權賠償起訴難的問題基本得到解決，因此，今年以來，因醫療糾紛直接向人民法院提起民事賠償訴訟的比例大幅度增加，第三條途徑成為解決醫療糾紛的主要途徑。
當然，無論採取哪種方式解決糾紛，醫患雙方都需要根據法律規定準備相應的證據。患方要及時要求影印甚至封存病歷資料，封存引起爭議的藥品等實物，保留有關就診的單據等以防個別醫療機構篡改病歷、推卸責任;醫療機構更要依法聯絡患方共同封存物品、及時委託檢驗、告知患方在法定期限內進行屍檢等，以利於爭議的解決，避免不必要的爭執。如果經過雙方共同的調查、協商，分歧較大，確定不了責任，雙方可以要求衛生行政部門進行處理，患方也可以在爭議發生後直接向人民法院起訴。民事訴訟中，因醫療行為引起的侵權訴訟，由醫療機構就醫療行為與損害結果之間不存在因果關係及不存在醫療過錯承擔舉證責任。這樣，如果患方就醫療過程中出現的損害結果對醫療機構提起訴訟，醫療機構就必須提出證據證明自己沒有過錯，或者其過錯與損害結果之間沒有因果關係，否則，醫療機構就要承擔敗訴的法律責任。
在醫療糾紛中運用最多的是醫療事故的技術鑑定。初次鑑定由市級醫學會組織，醫學會組建專家庫，主持醫患雙方抽取專家進行鑑定。啟動鑑定的方式有三種：醫患雙方共同委託、衛生行政部門委託、法院委託。《醫療事故處理條例》及配套規定根據對患者造成的損害程度規定了四級醫療事故，醫療機構的醫療過失行為責任程度也分四種。醫學會的鑑定應該在受理之後60日內作出，任何一方不服可以申請省級醫學會組織再次鑑定。
綜合上面所說的，醫療糾紛發生了之後最主要的就是解決雙方的矛盾，不管是雙方私了還是通過衛生部門來進行辦理，那麼都需要有合法的證據，對於患者方來說是可以申請醫學鑑定，利用鑑定的結果來保障自己的合法權益，所以，自己的利益就需要自己來保護。
