醫療糾紛協議書一般由雙方當事人根據醫療糾紛處理的情況據實撰寫，沒有固定格式。
具體包含的內容包括：
1、雙方當事人的具體資訊；
2、雙方醫療糾紛處理達成的結果；
3、醫療賠償的具體數額以及支付方式；
4、雙方當事人的其他權利和義務約定；
5、爭議解決方式；
6、協議簽訂份數及日期等。
《民法典》（自2021年1月1日起廢止）第四百七十條 合同的內容由當事人約定，一般包括下列條款：
（一）當事人的姓名或者名稱和住所；
（二）標的；
（三）數量；
（四）質量；
（五）價款或者報酬；
（六）履行期限、地點和方式；
（七）違約責任；
（八）解決爭議的方法。
當事人可以參照各類合同的示範文字訂立合同。
