1、定義不同。控告：是指機關、團體、企事業單位和個人向司法機關揭露違法犯罪事實或犯罪嫌疑人，要求依法予以懲處的行為。控訴：原意為告訴、申訴、陳訴。指向有關機關或公眾陳述受害經過，請求對於加害者做出法律的或輿論的制裁的意思。
2、享有權利的主體不同。申訴是指沒有上訴權的當事人及其法定代理人對已經發生法律效力的判決、裁定、調解，認為確有錯誤，向原審人民法院和上級人民法院提出的重新處理的一種訴訟請求。
3、提出的時間不同。申訴是一種補救措施，只發生在判決結果生效以後；控告的目的在於要求依法予以懲處的行為，控告發生在判決以前。
4、針對的物件不同。申訴是事後的補救，申訴的物件是對已經發生法律效力的判決、裁定或者調解；控告是指向司法機關揭露違法犯罪事實或犯罪嫌疑人，控告的物件是犯罪事實或者犯罪嫌疑人。法律依據：《刑事訴訟法》第四十九條
辯護人、訴訟代理人認為公安機關、人民檢察院、人民法院及其工作人員阻礙其依法行使訴訟權利的，有權向同級或者上一級人民檢察院申訴或者控告。人民檢察院對申訴或者控告應當及時進行審查，情況屬實的，通知有關機關予以糾正。
