1、強姦罪證據不充分的，人民檢察院可以退回公安機關補充偵查，也可以自行偵查。
2、對於補充偵查的案件，應當在一個月以內補充偵查完畢。補充偵查以二次為限。
3、對於二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。法律依據：《刑事訴訟法》第一百七十五條
人民檢察院審查案件，可以要求公安機關提供法庭審判所必需的證據材料；認為可能存在本法第五十六條規定的以非法方法收集證據情形的，可以要求其對證據收集的合法性作出說明。
人民檢察院審查案件，對於需要補充偵查的，可以退回公安機關補充偵查，也可以自行偵查。
對於補充偵查的案件，應當在一個月以內補充偵查完畢。補充偵查以二次為限。補充偵查完畢移送人民檢察院後，人民檢察院重新計算審查起訴期限。
對於二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。
