1、所覆蓋的物件不同
新型農村合作醫療只有農民才可以參加，而且是必須以家庭為單位整戶參加，國家實施這個政策，目的是解決農民“因病致貧、因病返貧”，緩解農民的經濟壓力，保障農民基本衛生服務。
而城鎮職工基本醫療保險是用人單位和個人繳費建立的醫療保險基金，是國家為了補償勞動者因疾病風險遭受經濟損失而建立一項社會保險制度。而且規定了鄉鎮企業以及職工、城鎮個體經濟組織業主及其從業人員也要納入基本醫療保險範圍內。
2、繳費方式不同
新型農村合作醫療是農民自願參加，農民個人每年繳費標準不能採取個人繳費、集體扶持和政府資助相結合的方式籌集資金。目前，農村合作醫低於10元，當然根據地區經濟條件來劃分標準，條件好的地區，繳費標準可能會高一些。療保險繳費標準有每年100元、200元、300元、400元、500元，各個地方根據自身的情況來設定繳費的檔次，當然是多繳多得了。
城鎮職工基本醫療保險費是用人單位和職工共同繳納的。用人單位繳費率應該控制在職工工資總額的6%左右，職工繳費率一般為本人工資收入的2%。小金要說的是用人單位繳費率和職工本人繳費率不會一直不變的，隨著經濟發展，是可以進行相應調整。
3、待遇不同
新型農村合作醫療費用補助，在不同級別的醫療機構補助費用也是不同的，縣內一級醫院100元，二級醫院200元，縣外醫院500元，補助的比例也是不一樣的，縣內一級醫院60%，二級醫院50%，縣外醫院40%。
而城鎮職工基本醫療保險是參保人除了享受個人賬戶費用門診包乾，還可以享受住院醫療，大病的補助以及特殊病種醫療費用的包乾待遇，聽起來優惠好多，與農村合作醫療採用不同的是，城鎮職工醫療保險實行的是統賬結合的方式。
