如果確認工傷後，部分醫藥費就由工傷保險付了。但是一旦定級，企業要承擔不少的費用。
一旦定級後,如果該員工辭職,則單位要承擔相應的傷殘補助金和就業補助金,具體標準按工傷條例以及當地的標準計算，這兩部分的費用是比較高的。
如果申報工傷後不是工傷的，對公司沒有什麼影響。公司需要支付停工留薪期工資，醫藥費由工傷保險報銷。
法律依據：《工傷認定辦法》第五條
用人單位未在規定的時限內提出工傷認定申請的，受傷害職工或者其近親屬、工會組織在事故傷害發生之日或者被診斷、鑑定為職業病之日起1年內，可以直接按照本辦法第四條規定提出工傷認定申請。
