一、勞動合同保密協議違約金是否有效?
用人單位與勞動者在保密協議中約定違約金是有效的。
對負有保密義務的勞動者，用人單位可以在勞動合同或者保密協議中與勞動者約定競業限制條款，並約定在解除或者終止勞動合同後，在競業限制期限內按月給予勞動者經濟補償。
按照《勞動合同法》第二十五條的規定，除了違反服務期約定、違反競業限制這兩種情形可以約定由勞動者承擔違約金外，其他情形，用人單位不得與勞動者約定由勞動者承擔違約金。在保密協議中約定勞動者違反保密義務時須承擔違約金，司法實踐中大量的勞動仲裁裁決、法院判決認為相關約定違反了上述強制性法律規定，相關約定無效。勞動者無須支付保密違約金。
用人單位與勞動者簽訂的保密協議具有一定的獨立性，並不嚴格依附於勞動合同存在，是否受《勞動合同法》的調整，在實務中存在爭議。雙方簽訂的保密協議系平等民事主體之間就技術保密事項簽訂的合同，應受合同法的調整。故支援了原告關於被告違反保密協議須支付違約金的訴訟請求。
二、約定保密條款違約金的方式有什麼?
根據《勞動合同法》的規定，保密協議中不得直接設定違約金，若約定違約金存在被認定為無效的風險。但這並不意味著保密協議中不可約定違約責任，保密協議中可約定違反保密義務的賠償內容以及計算賠償數額的方式。
商業祕密違約金對應的是商業祕密侵權所導致的損失，對商業祕密違約金的約定可以採用兩種方式：
一是採用懲罰性違約金約定，可以按照略高於預期損失的方式確定違約金的具體數額;
二是約定因商業祕密違約產生的損失賠償的計算方式，如因客戶資訊的洩露造成銷售額度的減少，可以銷售額的減少數額作為違約金的計算方式。
按照規定，保密協議中不能直接設違約金，如果存在違約金的會被認定為無效合同。商業祕密違約條款中的違約金約定方式有兩種，一種是採用懲罰性違約金約定，另一種是以商業祕密違約產生的損害賠償來計算。
