不能終止被感染員工的勞動合同。依據我國相關法律的規定，職工在被隔離治療期間，用人單位不能終止勞動合同，勞動合同到期的，要順延到隔離期期滿或者政府採取的緊急措施結束。企業因受疫情影響導致生產經營困難的，可以通過與職工協商一致採取調整薪酬、輪崗輪休、縮短工時等方式穩定工作崗位，儘量不裁員或者少裁員。
《人力資源社會保障部辦公廳關於妥善處理新型冠狀病毒感染的肺炎疫情防控期間勞動關係問題的通知》第一條 對新型冠狀病毒感染的肺炎患者、疑似病人、密切接觸者在其隔離治療期間或醫學觀察期間以及因政府實施隔離措施或採取其他緊急措施導致不能提供正常勞動的企業職工，企業應當支付職工在此期間的工作報酬，並不得依據勞動合同法第四十條、四十一條與職工解除勞動合同。在此期間，勞動合同到期的，分別順延至職工醫療期期滿、醫學觀察期期滿、隔離期期滿或者政府採取的緊急措施結束。
