手寫的結婚證沒有存檔是合法夫妻嗎

視具體情況而定。如果手寫的結婚證是婚姻登記機關給的，那麼就是合法的夫妻關係。要求結婚的男女雙方應當親自到婚姻登記機關申請結婚登記。符合規定的，予以登記，發給結婚證。完成結婚登記，即確立婚姻關係。
《民法典》 第一千零四十九條 要求結婚的男女雙方應當親自到婚姻登記機關申請結婚登記。符合本法規定的，予以登記，發給結婚證。完成結婚登記，即確立婚姻關係。未辦理結婚登記的，應當補辦登記。