當甲方扣除乙方違約金的數額過高的時候，乙方可以請求人民法院或者仲裁機構適當的減少。違約金的支付要結合造成的實際損失，當事人可以約定一方違約時應當根據違約情況向對方支付一定數額的違約金，也可以約定因違約產生的損失賠償額的計算方法。
【法律依據】
《民法典》第五百八十五條
當事人可以約定一方違約時應當根據違約情況向對方支付一定數額的違約金，也可以約定因違約產生的損失賠償額的計算方法。約定的違約金低於造成的損失的，人民法院或者仲裁機構可以根據當事人的請求予以增加；約定的違約金過分高於造成的損失的，人民法院或者仲裁機構可以根據當事人的請求予以適當減少。當事人就遲延履行約定違約金的，違約方支付違約金後，還應當履行債務。
