合夥合同糾紛和合夥協議糾紛實際上是沒有區別的，兩者的說法不同，在法律層面上來說的話都是一樣的，合夥協議糾紛債務要清算，且有相關的流程如下：
1、合夥清算的概念和清算人的確定
合夥合同終止後，須進行清算。合夥的清算是合夥解散，了結合夥法律關係，以消滅合夥的程式。
根據《合夥法》第五十九條規定，合夥企業解散，清算人由全體合夥人擔任;未能由全體合夥人擔任清算人的，經全體合夥人過半數同意，可以自合夥企業解散後15日內指定一名或者數名合夥人，或者委託第三人，擔任清算人;15日內未確定清算人的，合夥人或者其他利害關係人可以申請人民法院指定清算人。
2、合夥清算的內容
清算人執行的清算事務包括了結進行的業務、收取債權、清償債務、返還出資及分配剩餘財產等。根據《合夥法》第六十條規定，清算人在清算期間執行下列事務：①清理合夥企業財產，分別編制資產負債表和財產清單。②處理與清算有關的合夥企業未了結的事務。③清繳所欠稅款。④清理債權、債務。⑤處理合夥企業清償債務後的剩餘財產。⑥代表合夥企業參與民事訴訟活動。
3、清償順序和其他有關事項
(1)合夥企業財產在支付清算費用後，按下列順序清償：合夥企業所欠招用的職工工資和勞動保險費用;合夥企業所欠稅款;合夥企業的債務;返還合夥人的出資。合夥企業財產按上述順序清償後仍有剩餘的，按約定或者規定的比例(見前述)進行分配。
二、合夥未經清算可以起訴嗎?
針對合夥未經清算是否可以起訴的問題，存在不同意見。一種意見認為合夥未經清算，不得要求分割合夥財產，而且主張在合夥未清算、賬目無法查清的情況下，分配盈餘、結算虧損就缺乏相應依據。但未對個人合夥的終止結算義務加以規定，合夥清算也非訴訟的前置程式，所以，合夥協議未經清算不影響原告的訴權。
實踐中，也常常是因為合夥協議清算陷入僵局，合夥人不得已才選擇訴訟救濟方式的。同時，對合夥協議賬目不清，清算陷入僵局的情況下，一味要求當事人進行審計或會計核算理清賬目，如賬目無法理清則適用舉證規則駁回原告起訴的現實做法也有悖合夥協議糾紛這一訴訟案由設立的初衷。具體案件審理過程中，可以採用人民法院審理案件，其中一部分事實已經清楚，可以就該部分先行判決”的規定，對賬目清楚的部分，比如合夥人的出資、購置的固定財產、機器裝置等的折價收益，均可按照合夥協議的約定或合夥人的出資比例先行確定該部分合夥財產的清算分割問題。
對其他存在爭議的賬目上，則儘量在先行法律規定的框架內，儘量核實證據、減少糾紛，同時利用合夥當事人主體間的信任基礎，通過調解工作，盡力維護當事人的利益。
在當代的社會涉及到合夥合同方面的糾紛，需要嚴格的按照法律規定的進行處理，同時在開庭審理的過程當中是需要雙方當事人提交證據的，並且對於證據材料來做出一定的審查，最終才能夠完成審判的工作。當事人對此不服的情況之下，也是可以提出上訴的請求的。
