船舶登記人和實際出資人不一致，可能會造成後面船舶所有權的爭議問題，其登記人與實際出資人應就其船舶所有權及經營權等做一個書面的合同協議，明確雙方權利義務關係。
根據相關法律規定，船舶所有人申請船舶所有權登記，應當向船籍港船舶登記機關交驗足以證明其合法身份的檔案，並提供有關船舶技術資料和船舶所有權取得的證明檔案的正本、副本。
船籍港船舶登記機關應當對船舶所有權登記申請進行審查核實；對符合本條例規定的，應當自收到申請之日起7日內向船舶所有人頒發船舶所有權登記證書，授予船舶登記號碼，並在船舶登記簿中載明下列事項：
（一）船舶名稱、船舶呼號；
（二）船籍港和登記號碼、登記標誌；
（三）船舶所有人的名稱、地址及其法定代表人的姓名；
（四）船舶所有權的取得方式和取得日期；
（五）船舶所有權登記日期；
（六）船舶建造商名稱、建造日期和建造地點；
（七）船舶價值、船體材料和船舶主要技術資料；
（八）船舶的曾用名、原船籍港以及原船舶登記的登出或者中止的日期；
（九）船舶為數人共有的，還應當載明船舶共有人的共有情況；
（十）船舶所有人不實際使用和控制船舶的，還應當載明光船承租人或者船舶經營人的名稱、地址及其法定代表人的姓名；
（十一）船舶已設定抵押權的，還應當載明船舶抵押權的設定情況。
船舶登記機關對不符合本條例規定的，應當自收到申請之日起7日內書面通知船舶所有人。
《船舶登記條例》第十三條 船舶所有人申請船舶所有權登記，應當向船籍港船舶登記機關交驗足以證明其合法身份的檔案，並提供有關船舶技術資料和船舶所有權取得的證明檔案的正本、副本。
就購買取得的船舶申請船舶所有權登記的，應當提供下列檔案：
（一）購船發票或者船舶的買賣合同和交接檔案；
（二）原船籍港船舶登記機關出具的船舶所有權登記登出證明書；
（三）未進行抵押的證明檔案或者抵押權人同意被抵押船舶轉讓他人的檔案。
就新造船舶申請船舶所有權登記的，應當提供船舶建造合同和交接檔案。但是，就建造中的船舶申請船舶所有權登記的，僅需提供船舶建造合同；就自造自用船舶申請船舶所有權登記的，應當提供足以證明其所有權取得的檔案。
就因繼承、贈與、依法拍賣以及法院判決取得的船舶申請船舶所有權登記的，應當提供具有相應法律效力的船舶所有權取得的證明檔案。
