1、登入當地地方稅務局入口網站，下載個稅扣繳申報客戶端；2、開啟客戶端，進行系統初始化註冊，按照嚮導進行操作；3、登入軟體；4、進入代繳代扣系統，錄入人員資訊，填寫報表，網路報送；5、網上繳款。
小規模納稅人僅可能是公司、企業等，因此小規模納稅人僅需繳納增值稅和企業所得稅，而無須申報個人所得稅。對於在小規模納稅企業工作的個人而言，其需根據自己的月收入繳納個人所得稅，一般為所供職企業代扣代繳。個人所得稅起徵點為5000元，採取累進稅率計算辦法，即員工個人月度收入減去三險一金等專項扣除，再減去專項附加費扣除部分和依法確定的其他扣除後，超出5000元的部分才需要繳納個人所得稅。
《個人所得稅法》第二條規定十一種所得需要繳納個人所得稅。其中對企業而言需要代扣代繳的是“工資薪金所得”、“利息股息紅利所得”、“勞務報酬所得”個人所得稅。
“個人獨資合夥企業”所得稅如何徵收，因為小規模納稅人是相對於一般納稅人而言的概念，是相對於增值稅而言的，個人所得稅的徵收與該企業為一般納稅人或小規模納稅人沒有關係，對於企業或個人而言，取得收入符合徵稅條件，就應該繳納個人所得稅。
