小規模納稅人繳稅方式有兩種：
(一)銀行繳納：納稅人根據稅務機關填制的繳款書通過開戶銀行繳納稅款；
(二)銀稅聯網繳納，銀行、稅務局、企業之間簽訂協議，直接聯網辦理申報扣款，辦理稅收收入繳庫業務。小規模納稅人稅款實行查賬徵收，即以開票金額為計稅依據，但不得抵扣進項稅額。每季度按毛利25%徵收企業所得稅。
《增值稅暫行條例實施細則》第二十八條規定：從事貨物生產或者提供應稅勞務的納稅人，以及以從事貨物生產或者提供應稅勞務為主，併兼營貨物批發或者零售的納稅人，年應徵增值稅銷售額在50萬元以下的，前項規定以外的納稅人，年應稅銷售額在80萬元以下的，為小規模納稅人。
