個體工商戶的生產經營所得，以每一納稅年度的收入總額減除成本、費用以及損失後的餘額，為應納稅所得額，依法繳納個人所得稅。個體工商戶繳納的個人所得稅徵收方式有兩種：
財務健全記賬準確清晰的納稅人一般採用查賬徵收的方式自主核算應繳納的個稅。
稅務對財務制度不健全核算不準確或者有逃避稅收嫌疑的納稅人採用核定徵收，就是按收入或成本給出個徵收率，按徵收率繳稅。
法律依據：關於個人獨資企業和合夥企業投資者徵收個人所得稅的規定 第四條
個人獨資企業和合夥企業（以下簡稱企業）每一納稅年度的收入總額減除成本、費用以下損失後的餘額，作為投資者個人的生產經營所得，比照個人所得稅法的“個體工商戶的生產經營所得”應稅專案，適用5％－35％的五級超額累進稅率，計算徵收個人所得稅。前款所稱收入總額，是指企業從事生產經營以及與生產經營有關的活動所取得的各項收入，包括商品（產品）銷售收入、營運收入、勞務服務收入、工程價款收入、財產出租或轉讓收入、利息收入、其他業務收入和營業外收入。
