(一)無產權證房屋不太容易辦理物權變動手續，存在交易風險。
無產權證房屋權利人難以如約實行買賣、抵押、出租、入股等權利，難以實現物盡其用。
導致買受人的合法權益不一定能夠得到有效的保障。
(二)房屋拆遷時，無產權證房屋權利人無法獲得如同有房產證權力房屋的價值相當的補償。
(三)如果無產權證房屋被認定為是違章建築還將面臨行政處罰和強行拆除。當然，無產權證房屋在現行法律框架內應當得到相應保護。
即使無證房屋屬於違章建築，除法定機關外，任何人不得侵佔、毀損或拆除，否則無產權證房屋權利人可以申請返還財產、排除妨礙和賠償損失。
(四)無產權證房屋權利人行使房屋權利與相鄰人發生糾紛時，應當適用相鄰關係的規定，接受限制和擴張權利。
(五)當無產權證房屋買賣雙方出現糾紛，需要通過法律途徑解決時，很有可能因為房屋產權問題而影響買賣合同的效力，從而導致糾紛陷入困境，難以維權。
《房屋登記辦法》
第八十六條
房屋所有權依法發生轉移，申請房屋所有權轉移登記的，應當提交下列材料： (一)登記申請書; (二)申請人的身份證明; (三)房屋所有權證書;(四)宅基地使用權證明或者集體所有建設用地使用權證明; (五)證明房屋所有權發生轉移的材料; (六)其他必要材料。申請村民住房所有權轉移登記的，還應當提交農村集體經濟組織同意轉移的證明材料。農村集體經濟組織申請房屋所有權轉移登記的，還應當提交經村民會議同意或者由村民會議授權經村民代表會議同意的證明材料。
