契稅完稅證丟失了之後是可以申請補辦的。補辦流程如下：
1、如果契稅完稅證明是購房者本人直接去辦理的，那麼丟失後，可以拿著房屋產權人的身份證到所辦理稅務的稅務機關，說明丟失的情況。如果購房者儲存有完整的完稅證證號可直接查詢，假如購房者無法提供完整的證號，則要提供完稅證相關的資訊，如房產大致資訊、辦理大致日期等等。
待稅務機關確定後，就可開具一個證明或者直接從檔案中調取契稅完稅證明進行影印，最後再拿著證明或者契稅完稅證明覆印件加蓋公章即可。
2、如果完稅證是由其它機構代辦的，購房者應該先到當初代辦的機構，瞭解辦理契稅完稅證時的相關情況，如具體辦理的稅務機關等等，最好能讓代辦機構提供一些相關的證明，最後自己持相關證明到對應的稅務機關辦理，流程同上。
一般情況下，契稅都是在買房的時候就繳納的，繳納完稅款之後，相關部門會給到兩份憑證，其中一份是稅單，另一份就是契稅完稅證明了。
其中契稅完稅證明代表著該不動產權證書所屬的房產為已稅房，免徵契稅的房子也會有。如果沒有這個完稅證明，則房管局無法核發不動產權證書。
另外，在後期房產交易過程中，契稅完稅證明也是非常重要的，一般提取住房公積金、辦理貸款、二手房買賣等都是需要這份完稅證明的。
《中華人民共和國契稅暫行條例細則》第十條
