一、本罪與非罪的界限
1、本罪與欠稅行為。二者都是明知沒有繳納稅款而不予繳納的行為。其區別關鍵在於妨礙追繳稅款罪中行為人採取了轉移或者隱匿財產的手段而致使稅務機關無法追繳欠繳的稅款，而欠稅行為人則沒有采取上述手段以致於使稅務機關無法追繳欠繳稅款。另外，二者在主觀內容也不同，妨礙追繳稅款罪是出於逃避納稅而非法獲利的目的，而欠稅行為一般只是暫時拖欠稅款，而無逃避納稅的故意。
2、本罪與一般的妨礙追繳稅款違法行為。二者區別的關鍵在於行為人採取轉移或者隱匿財產的手段致使稅務機關無法追繳稅款數額是否較大。根據本條，妨礙追繳稅款數額在一萬元以上的才構成犯罪，如果沒有達到這一數額，則應當由稅務機關依照稅法規定處理，而不能以犯罪論處。
二、本罪與偷稅罪的界限
1、主體要件不同。本罪的主體只能由納稅人構成;而偷稅罪的主體除納稅人外還包括扣繳義務人。
2、犯罪目的不同。本罪是意圖達到逃避稅務機關追繳其所欠繳的應納稅款的目的：而偷稅罪則是意圖通過欺騙、隱瞞稅務機關，達到不繳或者少繳應納稅款為目的。
3、犯罪客觀方面不同。本罪表現為行為人採取轉移或者隱匿財產的手段致使稅務機關無法追繳欠繳的稅款的行為;偷稅罪則為表現為採取偽造、變造、隱匿、擅自銷燬帳簿、記帳憑證，在帳簿上多列支出或者不列、少列收入，經稅務機關通知申報而拒不申報或者進行虛假的納稅申報的手段，不繳或少繳應納稅款的行為。前者具有公開性，後者具有欺騙性、隱瞞性。
4、妨礙追繳稅款要求數額較大的才構成犯罪;偷稅罪要求情節嚴重的才構成犯罪。情節嚴重即包括因偷稅被二次行政處罰又偷稅的情況，也包括偷稅數額較大的情況，同是由數額較大構成犯罪的，妨礙追繳稅款罪只要求數額在一萬元以上即可，偷稅罪則還要求偷稅數額須出應納稅額的百分之十以上才能構成犯罪。
三、本罪與抗稅罪的界限
1、客體要件不同、本罪為簡單客體，即侵犯了國家的稅收管理制度;而抗稅罪則為複雜客體、即不僅侵犯了國家的稅收管理制度，同時還侵犯了依法從事稅收徵管工作的稅務人員的人身權利。
2、犯罪客觀方面不同。本罪在客觀上表現為採取轉移或者隱匿財產的手段致使稅務機關無法追繳欠繳的稅款的行為;抗稅罪則表現為以暴力、威脅方法拒不繳納稅款的行為。前者的行為方式是祕密的，而後者則是公開的，
3、妨礙追繳稅款數額較大的才構成犯罪，而抗稅罪不要求具備數額較大，只要以暴力、威脅方法拒不繳納稅款的，就構成犯罪。
