(一)區分本罪與軍人構成的刑法上的故意傷害罪的界限
1、主體要件和犯罪物件不同。本罪的主體是特殊主體，即必須是與被害人構成隸屬關係的首長，犯罪物件則僅限於與行為人構成隸屬關係的部屬。故意傷害罪為一般主體，軍職人員和一般公民均可構成，而且不要求行為人與被害人之間有特定關係。
2、犯罪的客觀表現不同。本罪是一般表現為經常打罵、凍餓等等方法對被害人進行肉體或者精神的摧殘、折磨，其結果不僅可能引起傷害，還可能引起其他嚴重後果，而故意傷害罪一般表現為以暴力或其他手段直接傷害他人的身體，其結果是造成被害人身體的組織完整性或者各種器官的正常功能遭到破壞。因此，如果部隊的領導人員對自己的部屬不是採取上述虐待的手段，而是以傷害他人身體為目的採用槍擊、刀刺等暴力手段，直接造成他人身體傷害的，應依照《刑法》關於故意傷害罪的規定定罪判刑，不能定虐待部屬罪。
(二)區分本罪同非法拘禁罪的界限
非法拘禁罪是指以拘留、禁閉或其他強制方法，非法剝奪他人人身自由的行為，屬於侵犯人身權利罪範圍。軍職人員虐待、迫害自己的部屬，手段多種多樣，禁閉也是其中的手段之一。因此，在虐待部屬過程中，間或有非法拘禁行為的，仍應以虐待部屬罪論處，不定非法拘禁罪。但是，如果不是出於虐待部屬的目的，也沒有經常虐待、迫害部屬的事實，而是由於其他原因或個人目的非法拘禁自己的部屬，構成犯罪的，應當以非法拘禁罪論處。
(三)區分本罪與侮辱罪的界限
1、虐待部屬罪侵害的客體是官兵一致的上下級關係和部屬的人身權利，而侮辱罪侵害的客體是公民的人格和名譽權。
2、虐待部屬罪的虐待行為是直接折磨、摧殘部屬的肉體和精神，並因此而致人重傷或者造成其他嚴重後果，而侮辱罪的侮辱行為是直接損害部屬的人格和名譽，但並不要求必須造成嚴重後果。
3、虐待部屬罪的行為人是有權指揮他人的人，他與被害人之間有隸居關係，屬於軍人違反職責罪中的特殊主體，而侮辱罪的行為人與被害人之間沒有特殊關係，居於一般主體。
4、虐待部屬罪是過失犯罪，而侮辱罪是故意犯罪。對這類案件在定罪時，如果符合虐待部屬罪的構成要件的，應定虐待部屬罪，而將侮辱行為作為從重處罰的情節;如果不符合虐待部屬罪的構成要件而符合侮辱罪的構成要件的，則應定侮辱罪，而將虐待行為作為從重處罰的情節。單純侮辱部屬人格和名譽的行為，只能定侮辱罪而不能定虐待部屬罪。
