一、概念區分
耕地佔用稅:是在全國範圍內對佔用農用耕地建房或從事其它非農業建設的單位和個人，按照規定稅額一次性徵收的一種稅。
城鎮土地使用稅(簡稱土地使用稅)是對在城市和縣城佔用國家和集體土地的單位和個人，按使用土地面積定額徵收的一種稅。
二、性質及形式之分
1、性質不同：前者帶有調節土地級差收益的性質，著重調節因地理交通位置不同而形成的土地級差收入，使各種不同納稅人的收入水平大體均衡。後者帶有行為稅的性質，著重調節佔用耕地的行為。
2、稅款徵收形式不同：前者是對使用國家所有土地年年連續的徵收。而後者是在發生佔用耕地行為時一次徵收，以後不再徵收。
3、稅率設計形式不同：前者按城市大小來規定差別稅率，大城市最高，中等城市次之，小城市及縣城最低。後者以縣為單位，人均耕地小的地區稅率高，反之稅率低。
三、徵收環節範圍及記賬方法區分
1、徵收環節
土地使用稅以納稅人實際佔用的土地面積為計稅依據，依照規定稅額計算徵收。
土地使用稅按年徵收
耕地佔用稅以納稅人實際佔用的耕地面積為計稅依據，按照規定的適用稅額一次性徵收。
2、記帳方法
土地使用稅記入“管理費用”
耕地佔用稅記入“無形資產—土地”或先記入“在建工程”，工程完工記入“固定資產—房屋”
3、徵稅範圍
前者主要包括城鎮範圍內使用的一切屬於國家和集體所有的土地，而不論是否為農用耕地。後者包括全國範圍內建房及其它非農用建設佔用的農用耕地。
鄉鎮土地使用稅區別於耕地佔用稅的方面是很寬廣的。因為從本質上來說這是兩種不同的稅種，儘管它們針對的都不是正在使用的農田，但是從徵稅方式、記賬管理等方面都是有很大區別的。這兩者最重要的區別體現在稅率上，這一點從根本上決定了這兩者不是同一的，我們依法納稅，繳納正確的稅種不可因某種稅稅率低且正好徵稅物件類似就在稅種中做選擇。
