侵犯智慧財產權罪自訴處理是合法的，自訴人應向法院遞交刑事自訴狀，附帶民事訴訟的應當提交刑事附帶民事自訴狀。法院對自訴案件要認真審查，對犯罪事實清楚、有足夠證據的案件應當直接受理。對不符合立案條件的，應通知自訴人撤訴並說明理由，自訴人堅持告訴的，法院應當裁定駁回，對於駁回起訴的裁定，自訴人可以上訴。
二、自訴案件範圍
(1)告訴才處理的案件：包括侮辱、誹謗罪、暴力干涉婚姻自由案、虐待案、侵佔案。
(2)被害人有證據證明的輕微的刑事案件;包括故意輕傷案、重婚案、妨害通訊自己案、非法侵入他人住宅案、生產、銷售偽劣商品案、侵犯智慧財產權案、刑法分則第四章、第五章對被告人可判3年有期徒刑以下刑罰的案件。
(3)被害人有證據證明對被告人侵犯其人身、財產權利的行為應當追究刑事責任。而公安機關或檢察院不予追究被告人刑事責任的案件。
三、自訴案件的提起和受理
自訴人應向法院遞交刑事自訴狀，附帶民事訴訟的應當提交刑事附帶民事自訴狀。
法院對自訴案件要認真審查，對犯罪事實清楚、有足夠證據的案件應當直接受理。對不符合立案條件的，應通知自訴人撤訴並說明理由，自訴人堅持告訴的，法院應當裁定駁回，對於駁回起訴的裁定，自訴人可以上訴。自訴人經說服撤回起訴或被駁回起訴後，又提出新的足以證明被告人有罪的證據的，可以受理。自訴人經兩次依法傳喚，無正當理由拒不到庭，或未經法庭許可中途退庭的，按撤訴處理。
四、自訴案件的審判的特點
(1)可以適用簡易程式。
(2)可以自行和解、撤回自訴，但對於《刑事訴訟法》第170條第3項規定的案件不適用調解。
(3)被告人可以對自訴人提起反訴。反訴適用自訴的規定。
自訴案件與公訴案件有很大的不同，公訴案件一般為影響社會穩定或者對公眾造成惡劣影響的案件由公訴機關發起的訴訟請求。而侵犯智慧財產權顯然可以作為自訴案件處理，它包含侵權人和被侵權人兩個訴訟主體，即可以由被侵權人向侵權人發起司法訴訟，要求侵權人給予賠償的司法行為。
