著作權侵權賠償協議糾紛是可以向法院起訴的；向法院起訴的流程是：
1、遞交訴訟狀。
2、法院經審查受理後將起訴書副本送達被告;
3、被告在十五日內提交答辯狀,法院在五日內將答辯狀副本送達原告如果被告不提交答辯狀,不影響審理;
4、決定開庭審理的案件,法院在三日前通知當事人並公告;
5、法庭調查階段包括:當事人陳述;告知證人的權利義務，證人作證，宣讀未到庭的證人證言;出示書證、物證和視聽資料;宣讀鑑定結論;宣讀勘驗筆錄;
6、法庭辯論包括:原告及其訴訟代理人發言;被告及其訴訟代理人答辯;第三人及其訴訟代理人發言或者答辯;互相辯論。法庭辯論終結，由審判長按照原告、被告、第三人的先後順序徵詢各方最後意見;
7、法庭辯論終結，應當依法作出判決。判決前能夠調解的，還可以進行調解，調解不成的，應當及時判決。
8、判決宣告。
二、著作權侵權賠償的計算方式有什麼?
侵犯著作權或者與著作權有關的權利的，侵權人應當按照權利人的實際損失給予賠償實際損失難以計算的，可以按照侵權人的違法所得給予賠償。賠償數額還應當包括權利人為制止侵權行為所支付的合理開支。權利人的實際損失或者侵權人的違法所得不能確定的，由法院根據侵權行為的情節，判決給予五十萬元以下的賠償。
我國著作權侵權賠償有三種計算方法：
1、以被侵權人的實際損失為依據;
2、以侵權人的違法所得為依據;
3、法定賠償。
司法實踐中還有一些具體的做法，這些賠償方式我們可以選擇適用，按照最有利於自己的方式進行計算。下面分別介紹三種賠償計算方式的運用計算和司法實踐中的主要做法。
綜合上面所說的，著作權侵權是需要侵權方承擔起相應的賠償，如果對雙方簽訂的賠償協議產生糾紛那麼是可以走訴訟的方式來進行解決，但前提一定要多方面的收集相關證據，只有能證明他人的違法實施，那麼法院才會受理自己的訴求。
