1.兩者的權利取得方式比較
申請專利權要按照一定的法定程式，按照我國法律的規定去授予專利權，最後申請專利的技術資訊還要向社會公開，並且法定的保護期內對專利權的技術資訊獨佔使用的權利。
想要獲得商業祕密權不需要審批，是技術資訊的所有人根據法律規定，會簽訂保密協議，約定這項技術祕密資訊在沒有公開前，可以有權利無限期使用。舉個例子，可口可樂公司做可樂的配方是商業祕密，並且這項資訊是不被大眾知道的，沒有對外公佈，那麼這個商業祕密可以說是屬於可口可樂的技術祕密。
2.兩者的權利要求內容比較
專利法規定專利權有三個特性，即創造性、新穎性及實用性，不符合這三性的，任何人可以依法向專利複審委員會提出申請，宣告專利無效。如果有一項專利被宣告無效了，那麼與這項專利中有關的所有技術資訊就會被認為是公開資訊，那麼也就同時喪失了兩個保護條件，專利權保護和商業祕密保護的可能。
技術資訊的新穎性和創造性對於商業祕密來說的要求沒那麼高，對商業祕密權的取得也與新穎性水平的高低沒有實質性的影響。從反不正當競爭法第十條第三款中關於商業祕密的定義中指出，商業祕密已經被權利人採取了一定保密措施的技術資訊和經營資訊，具有不被大眾認識和熟悉的特徵、具有為權利人帶來經濟效益的特徵、具有很強的實用性。
3.兩者的保護範圍比較
發明專利、實用新型專利及外觀設計專利，都屬於專利的範疇。在專利說明書中有具體的關於專利保護的範圍描述，不在說明書描述範圍之類的不屬於專利的保護範圍。
商業祕密不需要通過專利權來保護其技術資訊，所以可以是一種設計方案、也可以是一種獲得專利的工藝等等。
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