著作權保護與商業祕密保護在某些方面存在共同點，具有密切的聯絡;在有些方面兩種保護方式之間的界限也比較模糊。這兩種保護方式存在本質上的差異。主要表現在：
(1)保護物件不同。
根據我國《反不正當競爭法》，商業祕密的保護物件包括技術資訊和經營資訊兩類。其中技術資訊不僅包括有關設計、程式、產品配方、製作工藝、製作方法等完整的技術方案，還包括開發過程中的階段性技術成果、取得的有價值的技術資料、針對技術問題的技術訣竅，以及技術中的思想內容。經營資訊主要包括：經營策略、管理訣竅、客戶名單、貨源情報、產銷策略、招投標中的標底及標書內容等資訊。
著作權法只保護作品以及作品的表達形式。我國著作權法所稱作品，是指文學、藝術和科學領域內，具有獨創性並能以某種有形形式複製的智力創作成果。
(2)構成要件不同。
根據我國《反不正當競爭法》，商業祕密有三個構成要件，分別為不為公眾所知悉;能給權利人帶來經濟利益，具有實用性;以及經權利人採取了保護措施。而根據我國《中華人民共和國著作權法實施條例》，著作權法所稱作品，是指文學、藝術和科學領域內，具有獨創性並能以某種有形形式複製的智力創作成果。其應當具備如下幾方面的條件：首先，作品應當是思想或感情的表現。其次，作品應當具有獨創性或原創性。
(3)保護的期限不同。
我國基本法律並未明確規定商業祕密的保密期限。一般根據《合同法》的誠實信用原則和勞動者對單位的忠實義務，只要該項商業祕密未被公開，仍屬於法律意義上的商業祕密，則知悉該商業祕密的單位和個人就應當繼續履行保密義務，直到該項商業祕密公開為止，即當事人保密義務的期限與商業祕密的存續期限相同。但當事人另有約定的，依約定。一些地方性法規和司法檔案也對該問題作出了大同小異的規定。主要包括如下幾種規定：直接規定保密義務的期限與商業祕密存續的期限相同。如：《江蘇省高階人民法院關於審理商業祕密案件有關問題的意見》(蘇高法審委[2004]第3號)第十四條;原則上規定保密期限為技術祕密的存續期，但當事人另有約定的依約定。如《深圳經濟特區企業技術祕密保護條例》第十九條;規定保密期限由當事人自行約定，沒有約定或約定不明確的，保密期限為10年。
《中華人民共和國著作權法》對不同的著作權權利的保護期限作了詳細規定。《著作權法》第二十條規定，作者的署名權、修改權、保護作品完整權的保護期不受限制。第二十一條規定，公民的作品，其發表權、本法第十條第一款第(五)項至第(十七)項規定的權利的保護期為作者終生及其死亡後五十年，截止於作者死亡後第五十年的12月31日;如果是合作作品，截止於最後死亡的作者死亡後第五十年的12月31日。法人或者其他組織的作品、著作權(署名權除外)由法人或者其他組織享有的職務作品，其發表權、本法第十條第一款第(五)項至第(十七)項規定的權利的保護期為五十年，截止於作品首次發表後第五十年的12月31日，但作品自創作完成後五十年內未發表的，本法不再保護。電影作品和以類似攝製電影的方法創作的作品、攝影作品，其發表權、本法第十條第一款第(五)項至第(十七)項規定的權利的保護期為五十年，截止於作品首次發表後第五十年的12月31日，但作品自創作完成後五十年內未發表的，本法不再保護。
(4)保護的方式不同。
商業祕密權利人主要通過自行採取保密措施保護商業祕密。例如：訂立保密協議、制定保密制度、進行保密培訓、給商業祕密劃定密級和明確標識、設定祕密工作區域、配置專門儲存和傳輸商業祕密的電腦印表機等等。而著作權是依據著作權法的直接規定獲得的，作品一經完成，只要符合法律規定的作品的條件，即可獲得著作權，而不管該作品是否發表。我國《著作權法》第二條規定，中國公民、法人或者其他組織的作品，不論是否發表，都依照本法享有著作權。
儘管著作權保護與商業祕密保護存在許多差異點，但我們仍不能忽視兩種保護方式間的聯絡。作者或者說商業祕密所有人應首先認真分析其所有的作品或者說商業祕密的特點，再決定採用何種保護方式。也可以使兩種保護方式結合使用，充分利用各保護方式的長處，同時利用不同的保護方式來彌補各保護方式本身的不足，從而達到保護的最佳效果。
通過上述分析可以看出，著作權保護與商業祕密保護都屬於智慧財產權保護的範疇，都是保護無形的財產。有些資訊既滿足作品的條件，又滿足商業祕密的條件，企業可以綜合考慮各種因素後，選擇更適宜的保護方式。兩種保護方式在一定程度上正好形成互補關係。緣此，對於一些特殊的資訊，可以對資訊進行肢解，然後根據各肢解部分的特點，選擇合適的保護方式，使兩種保護方式在一項資訊上結合使用、互補優缺，以求達到保護的最佳效果。
