宅基地確權工作正在進行，但是農村由於歷史和一些不確定因素導致了農村宅基地確權工作一直存在不少爭議和亂象，對於此，國土資源局又下發了《關於進一步加快宅基地和集體建設用地確權登記發證有關問題的通知》來督促和規範土地確權工作的開展。
1.歷史存在原因，一戶多宅現象存在廣泛
不僅如此，宅基地面積超出標準也脫了確權工作的後腿，這種情況面臨的問題很多，需要多方面協商，得到農民的滿意和許可，程序變慢也是常有的現象。
2.農民確權工作準備不充分，很多農民證件不全
土地確權工作需要農民的配合，農民進行土地確權需要準備戶口本、身份證、老的宅基地證件、土地租賃協議等，但是有很多農民朋友缺少證件，導致了農民也忙手忙腳重新辦證，村集體也只能等待。
3.農村土地地籍不精準
農村地籍的儲存大部分是紙的資料，難以儲存，時間長了也模糊了。導致了土地歸屬者資訊模糊，儲存的資料和現實情況相差甚遠，嚴重拖慢了確權工作的進行。
4.不動產登記雖然和土地確權合併，但是新的證書卻沒有及時發放
甚至很多地方仍在使用老版的證書，土地確權工作真是進行不下去。
5.土地確權訊息仍沒有在全國廣泛宣傳
雖然現在土地確權訊息都在傳播，但是在部分偏遠地區，訊息很封閉，村集體更是落後，導致了土地確權工作根本沒有進行。
