如果由於土地存在爭議、糾紛等問題導致土地未能確權登記，待爭議解決之後，將可以進行確權登記。
但如果是存在以下三類情況，將不予確權，土地將會被收回：
1、未經許可開荒的土地
目前農村的開荒土地主要分為經過許可開荒和未經許可開荒，主要是以開荒土地時是否獲得農村集體組織或者當地政府部門的許可為依據，經過許可開荒的土地將與承包地一樣確權登記給開荒者。
而未經許可開荒的而土地，則不予確權，原則上交予開荒者繼續使用，待農村集體組織有其他規劃，則會收回其使用權。
2、違法佔用耕地、基本農田作為宅基地建房
農民朋友修建房屋，必須獲得宅基地使用權證書，如果確權此項證書則屬於違規違法建房，如果是濫用耕地、基本農田，則不予確權登記，還將會被農村集體組織收回，重新分配。
3、廢棄、閒置宅基地
此類宅基地也將會被農村集體組織收回。
【法律依據】
《民法典》第三百四十九條，設立建設用地使用權的，應當向登記機構申請建設用地使用權登記。建設用地使用權自登記時設立。登記機構應當向建設用地使用權人發放權屬證書。
