經營權糾紛歸屬需要看情況：
1、如果是權屬爭議，則屬於行政案件;
2、如果是承包合同糾紛、承包經營權侵權糾紛、承包經營權流轉糾紛、承包地徵收補償費用分配糾紛、承包經營權繼承糾紛，那麼就是民事案件。集體經濟組織成員就用於分配的土地補償費數額提起民事訴訟的，人民法院不予受理。
法律依據：
《最高人民法院關於審理涉及農村土地承包糾紛案件適用法律問題的解釋》第一條
下列涉及農村土地承包民事糾紛，人民法院應當依法受理：
(一)承包合同糾紛;
(二)承包經營權侵權糾紛;
(三)承包經營權流轉糾紛;
(四)承包地徵收補償費用分配糾紛;
(五)承包經營權繼承糾紛。集體經濟組織成員因未實際取得土地承包經營權提起民事訴訟的，人民法院應當告知其向有關行政主管部門申請解決。集體經濟組織成員就用於分配的土地補償費數額提起民事訴訟的，人民法院不予受理。
