由於各地區基本情況不同，在“住改非”房屋補償上也出現了不同的做法：
1、按照房屋的實際用途補償。也就是說能夠具體認定房屋確實是用於經營使用的，按照商業用房的具體補償標準補償，房屋是住宅的就按照住宅的具體補償標準補償。
2、根據商業用房的具體補償標準估價補償。參考“住改非”房屋的實際狀況，是否持續經營、是否有營業執照、是否沿街等。
3、按照“住改非”房屋的補償估價金額和非住宅房屋拆遷補償估價金額的平均值確定。
4、按照住宅的補償標準補償。用於住宅房屋用於經營使用的時間較短，尚不支援作為非住宅補償的。
5、按使用功能將“住和非住”部分拆分補償。用於經營使用的部分按照商業用房的補償標準補償，其餘部分按照住宅的補償標準補償。
二、停產停業損失補償的物件
房屋按照用途可以劃分為“住宅”和“非住宅”兩類，停產停業補償主要是針對非住宅中的經營性房屋。一般而言，經營性用房的認定需同時具備三個條件，即：能成為停產停業損失補償物件的房屋一須同時符合以下三項條件：
第一，房屋具有房屋權屬證明或經有關部門認定為合法建築;
第二，具有合法、有效的營業執照且載明的住所為被徵收房屋;
第三，已辦理稅務登記並具有納稅憑證。
三、停產停業損失補償計算標準
根據《國有土地上房屋徵收與補償條例》第23條的規定：
1、對因徵收房屋造成停產停業損失的補償，根據房屋被徵收前的效益、停產停業期限等因素確定;
2、具體補償標準由省、自治區、直轄市制定。據此，法律只是提出了兩種考量因素，而將制定具體補償標準的權利賦予了地方，因而實踐中由於地域差別以及實際情況的不同，具體補償標準也不一致。
