進行拆遷的時候，如果小產權房是屬於合法建築的，獲得的拆遷補償不會比有證房屋低，如果是違法建築的，甚至沒有拆遷補償。
《國有土地上房屋徵收與補償條例》
第二十一條 被徵收人可以選擇貨幣補償，也可以選擇房屋產權調換。
被徵收人選擇房屋產權調換的，市、縣級人民政府應當提供用於產權調換的房屋，並與被徵收人計算、結清被徵收房屋價值與用於產權調換房屋價值的差價。
因舊城區改建徵收個人住宅，被徵收人選擇在改建地段進行房屋產權調換的，作出房屋徵收決定的市、縣級人民政府應當提供改建地段或者就近地段的房屋。
第二十四條 市、縣級人民政府及其有關部門應當依法加強對建設活動的監督管理，對違反城鄉規劃進行建設的，依法予以處理。
市、縣級人民政府作出房屋徵收決定前，應當組織有關部門依法對徵收範圍內未經登記的建築進行調查、認定和處理。對認定為合法建築和未超過批准期限的臨時建築的，應當給予補償;對認定為違法建築和超過批准期限的臨時建築的，不予補償。
二、小產權房屬於違章建築嗎
一般地，以下情形建成的房子即屬於違章建築：
1、未申請或申請後未獲得批准，並未取得建設用地規劃許可證和建設工程規劃許可證而建成的房子;
2、擅自改變建設工程規劃許可證的規定建成的房子;
3、擅自改變了使用性質建成的房子;
4、臨時建築建設後超過有效期未拆除成為永久性建築的房子;
5、通過偽造相關材料向主管部門騙取許可證而建成的房子。
所以，小產權房是否屬於違章建築將根據以下兩種情況判斷：
1、在集體建設用地上建成的小產權房，依法辦理了審批手續後，即屬於合法建築。
簡單地說，就是利用宅基地建成的房子，法律上是允許在該土地上建房的，所以依法獲得審批後，即屬於合法建築，並且不會被拆遷。
2、在集體企業用地或者佔用耕地違法建成的房子，違反土地管理法，屬於非法建築，可能遭到拆遷。
按照土地管理法規定，農村集體所有的土地的使用權不得出讓、轉讓或者出租用於非農建設，而建成房子屬於非農建設，所以屬於非法建築，一旦被發現，可能被拆。
