一、兩者在具體所指的範圍上存在差別。
破產費用指在破產程式的進行和債務人財產管理過程中出現的常規性和程式性支出，具有消極意味。共益債務則是在破產程式中，為使債權人共同受益而產生的債務，如為增加債務人財產而履行雙務合同等，更具積極意味。
二、兩者在產生的原因上存在差別。
破產費用除破產案件的受理費用外，主要是由於破產管理人對債務人財產的管理行為所引起的，無論是對破產財產進行管理、變價、分配，還是聘任工作人員，以及破產管理人的費用報酬，都貫穿有破產財產管理人的積極行為在內。而從共益債務的角度來看，則以債務人財產為主要發生原因，履行雙務合同的目的是增加債務人財產，因債務人財產的不當得利、無因管理以及給他人造成損失所引發的債務都源於破產財產。儘管存在上述差別，但在破產費用和共益債務的認定上，兩者還可能存在一定的交叉。對於兩者之間的界限，應把握的是，破產費用僅限於必要的破產財產的管理性和程式性支出，即那些不支出破產程式就無法進行的費用，其範圍應嚴格控制。
《中華人民共和國企業破產法》第四十一條
《中華人民共和國企業破產法》第四十二條
《中華人民共和國企業破產法》第四十三條
