一、發生醫療事故爭議的由哪個衛生行政部門處理
發生醫療事故爭議，當事人申請衛生行政部門處理的，由醫療機構所在地的縣級人民政府衛生行政部門受理。醫療機構所在地是直轄市的，由醫療機構所在地的區、縣人民政府衛生行政部門受理。
二、醫療事故爭議的處理途徑有哪些
醫療事故的處理途徑具體如下：
1、醫患雙方自行協商解決。《醫療事故處理辦法》第11條規定：“病員及其家屬和醫療單位對醫療事故或事件的確認和處理有爭議時，可提請當地醫療事故技術鑑定委員會進行鑑定，由衛生行政部門處理。”所謂“確認和處理有爭議”，是指病員或其家屬和醫療單位對診療護理過程中發生的病員死亡、殘廢等不良後果，在認識上不一致，即在定性上有不同認識，以及雙方在認定性質上無分歧，即都認為屬於醫療事故，但在處理上卻各持不同意見，也首先要通過醫療單位和病員或其家屬自行協商的方式予以確認和解決，而不應跨越這一步驟直接提請當地醫療事故技術鑑定委員會進行鑑定，由衛生行政部門進行處理。
2、衛生行政部門的處理。醫療事故糾紛，經醫療單位和病員及其家屬通過自行協商，對醫療事故的確認和處理不能達成協議時，應由當地醫療事故技術鑑定委員會進行鑑定之後，由衛生行政部門進行處理。
3、訴訟解決。所謂訴訟解決，是指通過人民法院的審理來解決醫療事故糾紛。
《醫療事故處理條例》第三十九條中由規定，當事人申請當地衛生行政部門處理醫療事故爭議的，應當自收到醫療事故爭議處理申請之日起10日內進行審查，作出是否受理的決定。對符合本條例規定，予以受理，需要進行醫療事故技術鑑定的，應當自作出受理決定之日起5日內將有關材料交由負責醫療事故技術鑑定工作的醫學會組織鑑定並書面通知申請人;對不符合本條例規定，不予受理的，應當書面通知申請人並說明理由。
