醫患雙方在衛生行政部門或人民法院的主持下，從鑑定委員會名冊中選擇相等人數的委員，一般不超過2～4人為宜;再共同推舉一位委員，作為首席委員。當雙方共同推舉的人選達不成一致時，可由衛生行政機關或人民法院指定一名委員，經雙方同意後，組成鑑定委員會。由共同推舉的或衛生行政機關、人民法院指定的委員充當鑑定主持人，負責主持調查、辯論、討論和製作鑑定結論等事宜。
鑑定成員迴避問題
鑑定委員會組成人員確定後，當事人可在合理的期限內針對對方選出的鑑定委員提出迴避申請。鑑定委員會成員中有以下兩種情形的，必須予以迴避：
(1)醫療事故或事件的當事人，主要是指造成醫療事故或事件的醫務人員;
(2)與醫療事故或事件有利害關係的，根據《說明》中有關規定
①鑑定委員會的成員與病人及事故的直接責任者有親屬關係;
②鑑定委員會成員是直接責任者所在科室的負責人及專業組負責人。
迴避一般分為自行迴避、申請回避和指令迴避三種。
當事人申請回避的，衛生行政部門應及時給予答覆。衛生行政部門對申請回避所作出的決定，可以採取口頭形式，也可以採取書面形式，當事人對決定不服的，可以申請原衛生行政部門複議一次，複議期間，不影響或停止對該醫療事故或事件的鑑定工作。當事人提出迴避申請後，應由誰來決定是否迴避?
1987年國務院釋出的《醫療事故處理辦法》第15條規定)鑑定委員會成員是醫療事故的當事人或者與醫療事故或事件有利害關係的，應當迴避)但沒有規定由誰來決定迴避。關於這個問題，在醫療事故處理辦法修改討論會上，有三種思路：
一、由衛生行政機關決定是否迴避;
二、由鑑定委員會合議決定或由鑑定主持人決定是否迴避;
三、應視提起鑑定的機關而定。在訴訟過程中由人民法院依職權或者依當事人的申請而委託鑑定委員會鑑定時，應由審理該案的合議庭決定該委員是否迴避;而由衛生行政機關進行行政處理時，提起鑑定時，應由衛生行政部門決定是否迴避。
由鑑定委員會或鑑定主持人決定某一成員是否迴避，總有不公正之嫌;況且鑑定委員會組成是單數，如果決定1個或3個單數的委員是否迴避時，就有可能出現達不成多數意見的情況，並且，鑑定委員會對鑑定結論不承擔法律責任，當事人不能基於程式不合法對之提起行政複議或訴訟;衛生行政機關或人民法院在稽核鑑定結論時，若因作出不合法的迴避決定為由不予確認，或責令其重新作出鑑 定結論或另行組織鑑定，這樣不如由衛生行政機關或人民法院直接決定是否迴避更有效率、更及時。
由法院或衛生行政機關決定鑑定委員會成員的迴避問題，這是由鑑定結論的證據性質決定的。鑑定結論作為衛生行政機關、人民法院處理醫療糾紛、認定醫療事件是否為醫療事故的最直接證據，和一般的證據不同，它基本解決了醫療糾紛的事實問題，衛生行政機關或人民法院在此基礎上適用相關的法律、法規，明確當事人之間的權利、義務、責任和賠償等問題。當事人對鑑定結論不服，不能對之提起行政複議或行政訴訟;衛生行政機關對醫療事故鑑定結論作出的行政確認，當事人不服，可對行政確認提起行政訴訟，法院在審查行政確認是否合法時，對鑑定結論的真實性、合法性進行審查，審查鑑定委員會的組成、迴避決定是否合法。衛生行政機關對行政確認、人民法院對判決負法律責任。同樣，對基礎性的事實問題即已採信的鑑定結論也負法律責任。
