分情況討論。對於檢察院退回補充偵查的案件，經縣級以上公安機關負責人批准，公安機關可以根據不同情況分別作出處理。
1、對於證據不足的，公安機關應當在補充證據後，製作補充偵查報告書，移送檢察院審查起訴;對無法補充的證據，應當作出說明。
2、在補充偵查過程中，公安機關發現新的同案犯或者新的罪行，需要追究刑事責任的，應當重新制作起訴意見書，移送檢察院審查。
3、發現原認定的犯罪事實有重大變化，不應當追究刑事責任的。
法律依據：
《公安機關辦理刑事案件程式規定》第二百八十五條
對於檢察院退回補充偵查的案件，經縣級以上公安機關負責人批准，公安機關可以根據不同情況分別作出處理。
