1、兩者發生的基礎不同。國家賠償由國家機關及其工作人員的違法行為引起，以違法為前提;國家補償由國家的合法行為引起，不以違法為前提。
2、兩者性質不同。國家補償的根本屬性在於國家對特定受害的公民法人或者其他組織損失的填補，旨在求得因公共利益而遭受特別損失的公民、法人或者其他組織提供補救，以體現其與普通公眾間的利益平衡，並不意味著任何對國家的非難。這可以說是兩者最主要的區別。
3、時間要求不同。國家賠償責任的前提條件是損害的實際發生，即先有損害，後有賠償;而國家補償即可以在損害發生之前進行，也可以在損害發生之後進行。
4、兩者承擔責任的方式不同。國家賠償責任以金錢賠償為原則，以恢復原狀，返還財產等方式為輔;國家補償責任多為支付一定數額的金錢。
5、工作人員的責任不同。國家賠償制度中有追償制度。在國家賠償了受害人的損失以後要向有故意或重大過失的作出違法行為的國家機關工作人員追償，但是國家補償制度中沒有追償制度。
